Eduardo Mertehikian es miembro del Club Español del Arbitraje (sede Madrid, España); del Comité Argentino de Arbitraje Nacional y Transnacional; de la Asociación Argentina de Derecho Administrativo (AADA), y del comité honorario académico del Centro de Estudios sobre Gestión Pública y Responsabilidad (Buenos Aires, Argentina).

Además, integra el comité académico de Syntagma – Centro de Estudios Estratégicos (Madrid, España).